Tarnybinių patikrinimų atlikimo bei tarnybinių nuobaudų skyrimo ir panaikinimo tvarką reglamentuoja Vidaus reikalų ministro 2003 m. rugpjūčio 27 d. įsakymu Nr. 1V-308 patvirtinta „Tarnybinių patikrinimų atlikimo bei tarnybinių nuobaudų skyrimo ir panaikinimo tvarka“ (toliau – Tvarka).

Pareigūnui pirmiausiai turi būti įteiktas pranešimas dėl tarnybinio patikrinimo, kuriame nurodoma informacija apie pradėtą tarnybinį patikrinimą, koks galimai tarnybinis nusižengimas padarytas, išdėstytos tikrinamo pareigūno teisės. Su šiuo pranešimu pareigūnas turi būti supažindintas pasirašytinai, nurodant vardą, pavardę bei susipažinimo datą. Šis dokumentas pareigūnui turi būti įteiktas. Datos nurodymas reikalingas tam, kad būtų aišku, ar nepažeistas 20 dienų supažindinimo su pranešimu terminas, skaičiuojamas nuo tarnybinio patikrinimo pradžios. Pareigūnas turi teisę nepasirašyti po šiuo pranešimu, tačiau šis atsisakymas neturės jokios įtakos tarnybinio patikrinimo atlikimo procedūrai. Kartu su pranešimu tikrintojas privalo pateikti turimus duomenis apie tarnybinį nusižengimą, t.y. tikrinamam pareigūnui turi būti pateikta bent jau pirminė informacija, kurios pagrindu pradėtas pats tarnybinis patikrinimas, pavyzdžiui, tarnybiniai pranešimai, skundai ir pan. Ši informacija yra labai svarbi tam, kad pareigūnas galėtų pateikti išsamų paaiškinimą dėl pirminėje informacijoje nurodytų teiginių apie galimai neteisėtus pareigūno veiksmus, tuo realizuodamas savo teisę į gynybą (Tvarkos 17 p.).

Tikrinamas pareigūnas, gavęs pranešimą dėl tarnybinio nusižengimo bei pirminę informaciją, gali prašyti tikrintojo, jog šis jį iš karto apklaustų, gali savarankiškai rašyti paaiškinimą arba pateikti paaiškinimą per tikrintojo nurodytą protingą laikotarpį. Protingu laikotarpiu laikomos 3 – 5 dienos. Pabrėžtina, jog paaiškinimo pateikimas yra pareigūno teisė, o ne pareiga (Tvarkos 16.1, 18 p.). Paaiškinimo nepateikimas nepablogina pareigūno padėties ir jis už tokį atsisakymą negali būti baudžiamas. Pareigūnas taip pat turi teisę tikrintojui teikti prašymus, pavyzdžiui, apklausti įvykio liudytojus bei pateikti įrodymus (Tvarkos 16.1 p.).

Baigus tarnybinį patikrinimą (tarnybinio patikrinimo bendrasis terminas – 30 dienų, į kurio trukmę neįskaičiuojamas pareigūno ligos ar atostogų laikas. Esant svarbioms aplinkybėms, šis terminas gali būti pratęstas dar 30 dienų), tikrinamas pareigūnas turi teisę susipažinti su tarnybinio tikrinimo išvada bei visa tarnybinio patikrinimo metu surinkta medžiaga. Remiantis teismine praktika, pareigūnas su tarnybinio patikrinimo medžiaga susipažįsta savo iniciatyva. Su tarnybinio patikrinimo medžiagos įslaptinta informacija supažindinami tik tikrinami pareigūnai, turintys nustatyta tvarka išduotą dokumentą, patvirtinantį asmens teisę dirbti ar susipažinti su Lietuvos Respublikos įslaptinta informacija (Tvarkos 16.2 p.).

Tikrinamas pareigūnas taip pat turi teisę tarnybinės nuobaudos skyrimo procedūros metu turėti advokatą ar kitą įgaliotą atstovą (Tvarkos 16.3 p.). Tarnybinės nuobaudos skyrimo procedūros sąvoka turi būti suvokiama plačiai, t.y. į tarnybinės nuobaudos skyrimo procedūrą įeina visi veiksmai, atlikti tarnybinio patikrinimo metu. Profesinės sąjungos nariai tarnybinio patikrinimo metu gali kviesti profesinės sąjungos teisininkus ar kitus jos atstovus.

Tikrinamo pareigūno teisių pažeidimo ar tikrintojo pareigų neatlikimo atveju (tikrintojas atsisako priimti paaiškinimus, prašymus ar įrodymus, neapklausė visų įvykio liudytojų, pažeidė procedūrinius terminus, draudė dalyvauti atstovui apklausos metu ir pan.), tikrinamas pareigūnas turi teisę pavaldumo tvarka apskųsti tikrintojo veiksmus (Tvarkos 16.4 p.). Šios teisės įgyvendinimu užtikrinama asmens, atliekančio tarnybinį patikrinimą, veiksmų kontrolė.

Nesutinkantys su paskirta tarnybine nuobauda – per 30 dienų nuo susipažinimo su įsakymu kuriuo paskirta tarnybinė nuobauda, turi teisę kreiptis į teismą arba skųsti pavaldumo tvarka.